Gilbert Deleage

Méthodes d’analyse de séquences et de structures 3D de protéines et leur intégration au sein de Webiciels.
Publié le 27 février 2009, mise à jour le 27 mars 2009


Méthodes d’analyse de séquences et de structures 3D de protéines et leur intégration au sein de Webiciels.

La fonction biologique d’une protéine est intimement liée à sa structure 3D et à ses interactions. Depuis de nombreuses années, nous développons au sein de notre équipe à l’IBCP de Lyon (http://pbil.ibcp.fr) , des outils intégrés d’analyse de séquences de protéines (serveur NPS@ : http://npsa-pbil.ibcp.fr), des outils de modélisation moléculaire par homologie en particulier à faible taux d’identité en utilisant les prédictions de structures secondaires comme Geno3D (http://geno3d-pbil.ibcp.fr). Cet outil de modélisation s’est récemment enrichi du pipeline d’annotation structurale MAGOS (http://pig-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/pig ?page=magos), en collaboration avec le groupe d’O. Poch à l’IGBMC, et d’un système de modélisation moléculaire à haut débit permettant le traitement au niveau d’un protéome entier. Un système de gestion des modèles 3D a été développé sous la forme d’une base de données afin de faciliter les mises à jour et les requêtes concernant l’exploitation de ces modèles MODEOME3D (http://pig-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/pig ?page=modeome3d). Ces outils sont intégrés au sein du serveur PIG (Protein InvestiGator, http://pig-pbil.ibcp.fr). Au niveau des développements méthodologiques, l’outil SuMo (http://sumo-pbil.ibcp.fr) permet de comparer des structures 3D de protéines en s’affranchissant du repliement 3D des protéines. Il utilise une description des protéines de la PDB sous forme de graphes de triplets de groupements physico-chimiques connectés. Cet outil permet de réaliser une annotation fonctionnelle des structures 3D sans fonction connue issues des grands programmes de génomique structurale. Enfin, des outils de validation de modèles 3D en utilisant des approches expérimentales de spectrométrie de masse ont été récemment mis au point (http://proteomics-pbil.ibcp.fr). Une revue de l’ensemble des méthodes et outils développés sera effectuée à travers des exemples d’applications biologiques.


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