Programme détaillé

Publié le 25 mars 2009, mise à jour le 5 mai 2009

PDF - 29.6 ko
Programme en PDF

Mardi 9 juin 2009
9h00-9h45 Accueil des participants + café
9h45-10h15 Présentation Jobim
10h15-11h30 Selection and randomness in evolution or selection of randomness in evolution ? Christian Gautier
11h30-12h00 Single-nucleotide substitution rates increase during the replication S phase of the human genome. Chun-Long Chen, Aurélien Rappailles, Lauranne Duquenne, Maxime Huvet, Guillaume Guilbaud, Benjamin Audit, Yves d’Aubenton-Carafa, Alain Arneodo, Olivier Hyrien and Claude Thermes.
12h-12h30 Présentations flash (5min) *
12h30-14h30 Pause déjeuner
14h30-15h30 Computational Short Read Metagenomics Jens Stoye
15h30-16h00 Counting patterns in degenerated sequences. Gregory Nuel.
16h00-17h00 Pause café + posters
17h00-17h30 How to measure the robustness of bacterial genome comparisons ? Hugo Devillers, Hélène Chiapello, Meriem El Karoui and Sophie Schbath.
17h30-18h00 Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignment. Raluca Uricaru, Celia Michotey, Laurent Noe, Hélène Chiapello and Eric Rivals.
18h00-18h30 Drug dosage control of the HIV infection dynamics. Marie-José Mhawej and Claude H. Moog. S
19h00 Cocktail de bienvenue à la mairie de Nantes

* Les flashs :

    • EuGène Maize : A gene prediction web tools for maize. Pierre Montalent and Johann Joets.
    • Intégration automatique d’une ontologie de domaine dans un annuaire Biomoby. Julien Wollbrett, Pierre Larmande and Manuel Ruiz.
    • Estimation of sequence errors and capacity of genomic annotation in transcriptomic and DNA-protein interaction assays based on next generation sequencers. Nicolas Philippe, Anthony Boureux, Laurent Bréhélin, Jorma Tarhio, Thérèse Commes and Eric Rivals.
    • Oenococcus oeni genome plasticity associated with adaptation to wine, an extreme ecological niche. Elisabeth Bon, Arnaud Delaherche, Eric Bilhere, Antoine de Daruvar, Aline Lonvaud-Funel and Claire Le Marrec.
    • Databases of homologous gene families for comparative genomics. Simon Penel, Anne-Muriel Arigon, Vincent Daubin, Pascal Calvat, Stephane Delmotte, Jean-Francois Dufayard, Manolo Gouy, Guy Perriere, Anne-Sophie Sertier and Laurent Duret.
Mercredi 10 juin 2009
9h00-10h00 What directs a transcription factor to its target sites ? New insights from ChIP-Seq data analysis. Philipp Bucher
10h00-10h30 Detection de nouveaux domaines proteiques par co-occurrence : application a p. falciparum Nicolas Terrapon, Olivier Gascuel and Laurent Brehelin.
10h30-11h00 Pause café + posters
11h00-11h30 Système de Classes Chevauchantes pour la Recherche de Protéines Multifonctionnelles. Emmanuelle Becker, Alain Guénoche and Christine Brun.
11h30-12h00 Utilisation d’ontologies de tâches et de domaine pour la composition semi-automatique de services Web bioinformatiques. Nicolas Lebreton, Christophe Blanchet, Julie Chabalier and Olivier Dameron.
12h-12h30 Présentations flash (5min) *
12h30-14h30 Pause déjéuner
14h30-15h30 Le recodage : Qu’est-ce que c’est ? A quoi ça sert ? Comment ça marche ? Et la bioinformatique dans tout ça ? Jean-Pierre Rousset
15h30-16h00 Probabilistic modeling of tiling array expression data. Aurelie Leduc, Stephane Robin, Philippe Bessieres and Pierre Nicolas.
16h00-17h00 Pause café + posters
17h00-17h30 Master regulator analysis reveals key transcription factors for Germinal Center formation. Celine Lefebvre, Mariano Alvarez, Presha Rajbhandari, Wei Keat Lim and Andrea Califano.
17h30-18h00 Cellular automata modeling of intercellular genetic regulatory networks. Anne Crumiere.
18h00-18h30 Using reliable and Surprising Item Sets for the Characterization of Protein-Protein Interfaces. Christine Martin and Antoine Cornuéjols.
18h30-19h30 Assemblée générale de la Société Française de Bio-Informatique (SFBI)
19h30 Visite guidée de l’île de Nantes
20h30 Repas de Gala sur l’île de Nantes

* Les flashs :

    • ace.map – a comprehensive tool for advanced microarray analysis. Guillaume Brysbaert, Brice Targat, Nicolas Tchitchek, Jose Felipe Golib Dzib, Christophe Bécavin, Sebastian Noth and Arndt Benecke.
    • Crossing genome and transcriptome : deciphering links between structure and function in Arabidopsis thaliana genes. Véronique Brunaud, Virginie Bernard, David Armisén, Jean-Philippe Tamby, Séverine Gagnot, Sandra Derozier, Franck Samson, Cécile Guichard, Marie-Laure Martin-Magniette, Alain Lecharny and Sebastien Aubourg.
    • Generalized Peptide Mass Fingerprinting on whole-cell HPLC-MS proteomics experiments. Pascal F. Bochet, Frank Rügheimher, Tina Guina, David R. Goodlett, Peter Clote and Benno Schwikowski.
    • Multiple perturbation mapping of biological systems. Magali Michaut and Gary Bader.
    • Dynamic modelisation of transcriptional regulatory networks involved in yeast antifongal resistance. Jennifer Becq, Sophie Lèbre, Frédéric Devaux and Gaëlle Lelandais.
Jeudi 11 juin 2009
9h00-10h00 Tackling regulatory networks : from biological models to theorems, and vice-versa. Denis Thieffry
10h00-10h30 FUNGIpath : a new tool for analysing the evolution of fungal metabolic pathways. Sandrine Grossetete, Bernard Labedan and Olivier Lespinet.
10h30-11h00 Pause café + Posters
11h00-11h30 Detecting Network Motifs by Local Concentration. Etienne Birmele.
11h30-12h00 Meristematic Waves, a new approach to root architecture dynamics. Lionel Dupuy, Matthieu Vignes, Blair McKenzie and Philip White.
12h-14h00 Pause déjéuner
14h00-15h00 Méthodes d’analyse de séquences et de structures 3D de protéines et leur intégration au sein de Webiciels. Gilbert Deleage
15h00-15h30 Construction et analyse d’un modèle tridimensionnel du complexe (SLR1738-Zn-Fe)2-ADN. Paul Garcin, Olivier Delalande, Corinne Cassier-Chauvat, Franck Chauvat et Yves Boulard.
15h30-16h00 A geometric knowledge-based coarse-grained scoring potential for structure prediction evaluation. Sébastien Loriot, Frédéric Cazals, Michael Levitt and Julie Bernauer.
16h00-16h30 Bilan annuel du GDR BIM
16h30-16h45 Cloture et présentation de JOBIM 2010

calle
calle
calle