Coté calcul

Publié le 1er avril 2009


Date : Lundi 8 juin 14h-18h

Lieu : A préciser

Description : Les acteurs en BIM (Biologie, Informatique et Mathématiques) font face à une augmentation considérable de la taille des objets qu’ils manipulent et modélisent ; on pense notamment aux nouvelles données de séquençage (nombre de séquences et d’espèces), à la taille des réseaux biologiques ou à la complexité des modèles de simulation. Par ailleurs, on assiste à une modification de l’évolution du matériel de calcul vers du “plus nombreux” aux dépends du “plus rapide”.

Ce contexte invite tout naturellement à se préoccuper des aspects de calcul, de l’algorithmique jusqu’à l’architecture matérielle, suivant plusieurs facettes :

  • la mise au point d’algorithmes de plus faible complexité
  • le développement d’algorithmes adaptés au calcul parallèle et distribué
  • l’utilisation ou le développement de bibliothèques logicielles optimisées
  • le couplage entre développement et architecture cible (thread SMP, MPI, distribution)
  • le recours aux nouvelles technologies HPC
  • le “divide and conquere” des architectures de type grille

Plus de détails

Organisateurs :

  • Christophe Blanchet, IBCP Lyon, christophe.blanchet/AT/ibcp.fr
  • Christophe Caron, Station Biologique de Roscoff, caron/AT/sb-roscoff.fr
  • Vincent Miele, LBBE Lyon, miele/AT/biomserv.univ-lyon1.fr
  • Bruno Spataro, LBBE Lyon, bspataro/AT/biomserv.univ-lyon1.fr

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